Setelah menetap di Green Hills, Sonic ingin membuktikan bahwa dia memiliki apa yang diperlukan untuk menjadi pahlawan sejati. Ujiannya datang ketika Dr. Robotnik kembali, kali ini dengan mitra baru, Knuckles, untuk mencari zamrud yang memiliki kekuatan untuk menghancurkan peradaban. Sonic bekerja sama dengan sahabat karibnya sendiri, Tails, dan bersama-sama mereka memulai perjalanan keliling dunia untuk menemukan zamrud sebelum jatuh ke tangan yang salah.