Setelah bertahun-tahun terlindung dari dunia manusia, Turtle brothers berangkat untuk memenangkan hati warga New York dan diterima sebagai remaja normal melalui tindakan heroik. Teman baru mereka, April O’Neil, membantu mereka menghadapi sindikat kejahatan misterius, tetapi mereka segera berubah pikiran ketika pasukan mutan menyerang mereka.